Saat itu seorang pendeta bernama Ferreira yang berada di Jepang juga terpaksa mengikuti perintah inkuisitor untuk meninggalkan keimanannya agar ia tidak dibunuh ataupun disiksa oleh para inkuisitor.
Dua murid pendeta Ferreira yaitu Rodrigues dan Garupe yang saat ini menjadi pendeta dan tinggal di Portugis akhirnya datang ke Jepang untuk mencati Ferreira.
Dari Portugis mereka naik kapal untuk mencari sang guru dengan berbekal petunjuk surat terakhir yang dikirim oleh Ferreira.
Dalam surat yang dikirim Ferreira kepada muridnya ia menceritakan tentang kekejaman era pemerintah Shogun yang menyiksa dan membunuh orang yang memeluk agama Kristen.
Rodrigues dan Garupe akhirnya tiba di Jepang setelah menempuh perjalanan yang cukup panjang untuk mencari Ferreira.
Namun saat keduanya di Jepang mereka mulai menyaksikan segala bentuk kekerasan, siksaan, bahkan penyaliban hingga di tenggelamkan di laut bagi orang - orang yang menganut agama Kristen.
Sebelum menemukan gurunya Rodrigues sempar ragu akan keimannanya apalagi ia sempat dipenjara karena beberapa penduduk memilih berkhianat.
Akhirnya setelah melalui perjuangan yang berat, Rodrigues berhasil menemukan gurunya dalam kondisi yang mengenaskan. Apakah Rodrigues juga akan dieksekusi oleh inkuisitor karena memeluk agama Kristen?.***